La France a choisi une démarche concertée et volontaire pour atteindre les objectifs de conservation des espèces et des habitats naturels fixés dans le cadre des deux directives européennes.
La concertation repose principalement sur un comité de pilotage (COPIL) qui est mis en place par le préfet coordinateur pour chaque site Natura 2000. Cette instance décisionnelle regroupe les collectivités, les services de l’état, les organismes socioprofessionnels et les associations locales. Le comité de pilotage a pour rôle de suivre, d’amender et de valider chaque étape de la démarche.
Suite à sa mise en place, le comité de pilotage désigne une « structure opératrice » qui est chargée de l’élaboration du plan de gestion du site, appelé Document d’objectifs (DOCOB). Ce dernier est réalisé en concertation avec les acteurs du territoire aux travers de groupes de travail et de réunions.
Le Document d’objectifs établit en premier lieu le diagnostic écologique et socio-économique du territoire afin de déterminer, dans un second temps, les objectifs de conservation et le programme d’actions à mener, comprenant des mesures contractuelles et une charte Natura 2000 ainsi que des études scientifiques et des actions d’animation.
Le document final est validé par le comité de pilotage puis approuvé par le préfet.
Dans la phase suivante d’animation et de mise en oeuvre du document d’objectifs, le comité de pilotage désigne une « structure animatrice ». Afin de préserver la biodiversité du territoire, la gestion du site se base principalement sur deux dispositifs contractuels volontaires : les contrats (contrats Natura 2000 et mesures agro-environnementales territorialisées) et la charte Natura 2000.